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La Institución Educativa Distrital La Unión surge institucionalmente mediante acto administrativo emanado por la Secretaría de Educación Distrital de Barranquilla el día 20 de diciembre de 2006 (Resolución 001608). 
 
Este acto denominado desfusión surge por iniciativa de la misma Secretaría de Educación Distrital al diagnosticar la magnitud de cuatro sedes del colegio distrital San Gabriel. Dentro de la misma comunidad surge la necesidad de replantear la funcionalidad de la institución con el ánimo de redireccionar los procesos. De esta forma surge la convocatoria de funcionarios de la Secretaria de Educación Distrital en cabeza del licenciado JORGE DE LAS SALAS. En dicha convocatoria participan padres de familia, docentes, estudiantes y directivos docentes del colegio Distrital San Gabriel. Se acuerda por unanimidad una nueva denominación para la institución que albergaría estudiantes en las sedes 2 y 3 del colegio San Gabriel. En consecuencia y fundamentado en el sector en donde están ubicadas dichas sedes se le entrega la denominación de INSTITUCIÓN EDUCATIVA DISTRITAL LA UNIÓN,  denominación que se ratifica en la resolución 001608 de diciembre 20 de 2006. Para efectos de legalizar lo acordado se establece equidad en la división que se ejecutaría tanto para el colegio San Gabriel como para la Institución Educativa Distrital La Unión. Lamentablemente no fue de esta forma y la nueva institución surge con muchas falencias logísticas y materiales producto del no trato equitativo al momento de proceder al acto divisorio. 
 
La rectoría de la nueva institución es encargada al licenciado Henry Barragán Orozco quien está de forma transitoria. La Institución Educativa Distrital La Unión es colocada en el listado de instituciones para ser escogidas por los directivos docentes que superaron el concurso distrital de rectores en el distrito de Barranquilla. El licenciado ÁLVARO NARCED GUZMÁN BOOM asume las funciones de rector e inicia un direccionamiento consecuente de una nueva institución. Docentes y directivos docentes del colegio San Gabriel tienen la opción de escoger su nueva institución y es así como una directiva docente y un grupo importante de docentes resuelven seguir desarrollando sus labores en la Institución Educativa Distrital La Unión. Es así como surge la Institución que hoy direcciona el trabajo hacia la construcción excelencia integral fundamentada en la aplicación de los principios de afectividad, ciencia y convivencia.